Melatonine wordt bijna altijd goed verdragen en veroorzaakt zelden bijwerkingen. Gebruik ervan heeft geen invloed op de eigen melatonineproductie. Een enkel geval (0,1-1% van de gevallen) klaagt over misselijkheid, buikpijn, obstipatie, hoofdpijn, droge mond of rusteloosheid. Ook zijn veel dromen en duizeligheid beschreven. Overmatige slaperigheid ’s morgens kan erop wijzen dat de melatoninedosis te hoog is.
In zeldzame gevallen kan melatonine bij mensen met epilepsie leiden tot een toename van het aantal aanvallen. Het tegenovergestelde komt echter vaker voor. Doordat de patiënten beter slapen, neemt het aantal epileptische aanvallen juist af.
Na enkele weken dagelijks gebruik van melatonine kan het effect ervan afnemen en kunnen weer slaapproblemen ontstaan (’s nachts wakker worden en/of ’s morgens te vroeg ontwaken). De inname van melatonine in de avond helpt meestal nog wel om vlot in slaap te vallen. Als dit gebeurt, is dat te wijten aan een te trage afbraak van melatonine waardoor overdag een hoge melatoninespiegel ontstaat. Dit leidt tot een ontregeling van het slaap-waakritme. Als dat het geval is, kun je beter stoppen met het gebruik van melatonine. Als je vlak voor het stoppen rond 14.00 uur de melatoninespiegel in speeksel meet, wordt duidelijk of inderdaad sprake is van melatoninestapeling. Die meting kan via deze website worden aangevraagd. Als de behandeling met melatonine daarna wordt hervat, moet een veel lagere dosis dan daarvoor worden gebruikt (maximaal 0,5 mg bij kinderen en 1 mg bij volwassenen).
Het effect van melatonine kan ook verminderen als je behalve melatonine een medicijn gebruikt dat de afbraaksnelheid van melatonine beïnvloedt. Dat geldt bijvoorbeeld voor medicijnen die het enzym CYP1A2 activeren. Daardoor wordt de afbraaksnelheid van melatonine verhoogd. Voorbeelden hiervan zijn de maagzuurremmers omeprazol (Losec®), esomeprazol (Nexium®), lansoprazol (Prezal®) en het anti-epilepticum carbamazepine (Tegretol®).
Er zijn ook medicijnen die het enzym CYP1A2 afremmen. Hierdoor wordt de afbraaksnelheid van melatonine verlaagd en bestaat de kans dat melatoninestapeling optreedt. Voorbeelden hiervan zijn de anticonceptiepil, de maagzuurremmer cimetidine (Tagamet®), het antibioticum ciprofloxacine (Ciproxin®) en het antidepressivum fluvoxamine (Fevarin®).
De Melatoninebijsluiter bevat een volledige lijst van medicijnen die de afbraaksnelheid van melatonine beïnvloeden.