Melatonine wordt bijna altijd goed verdragen en veroorzaakt zelden bijwerkingen. Gebruik ervan heeft geen invloed op de eigen melatonineproductie. Een enkel geval (0,1-1% van de gevallen) klaagt over misselijkheid, buikpijn, obstipatie, hoofdpijn, droge mond of rusteloosheid. Ook zijn veel dromen en duizeligheid beschreven. Overmatige slaperigheid ’s morgens kan erop wijzen dat de melatoninedosis te hoog is.
In zeldzame gevallen kan melatonine bij mensen met epilepsie leiden tot een toename van het aantal aanvallen. Het tegenovergestelde komt echter vaker voor. Doordat de patiënten beter slapen, neemt het aantal epileptische aanvallen juist af.
Na enkele weken dagelijks gebruik van melatonine kan het effect ervan afnemen en kunnen weer slaapproblemen ontstaan (’s nachts wakker worden en/of ’s morgens te vroeg ontwaken). De inname van melatonine in de avond helpt meestal nog wel om vlot in slaap te vallen. Als dit gebeurt, is dat te wijten aan een te trage afbraak van melatonine waardoor overdag een hoge melatoninespiegel ontstaat. Dit leidt tot een ontregeling van het slaap-waakritme. Als dat het geval is, kun je beter stoppen met het gebruik van melatonine. Als je vlak voor het stoppen rond 14.00 uur de melatoninespiegel in speeksel meet, wordt duidelijk of inderdaad sprake is van melatoninestapeling. Als de behandeling met melatonine daarna wordt hervat, moet een veel lagere dosis dan daarvoor worden gebruikt (maximaal 0,5 mg bij kinderen en 1 mg bij volwassenen).
