Melatonine kan worden ingezet bij de behandeling van slaapproblemen en jetlag.
Melatonine bewijst goede diensten in de preventie van ziekten die hun oorzaak vinden in een gebrekkige nachtelijke melatonineaanmaak. In dat geval is overigens ook vaak sprake van slaapproblemen.
Verder is melatonine waardevol als toevoeging aan een behandeling wegens kanker en aandoeningen die verband houden met een te lage melatoninespiegel.